Аму-дарьинская флотилия, входящая ныне в состав военного ведомства, была сформирована в 1887 году в г. Чарджае для поддержания сообщения между укреллениями Петроалександровском, Чарджуем, Керки и Термезом и для доставки в эти пункты различных видов довольствия, необходимых войскам. Впоследствии первоначальная задача флотилии была расширена и пароходы её стали принимать для перевозки и частные грузы. Для сформирования новой флотилии были переданы морским ведомством пароходы, баржи, имущество и механическая мастерская, принадлежавшие упразднённой Аральской флотилии. В настоящее время во флотилии состоят пароходы: «Царь», «Цесаревич», «Император Николай II», «Великий князь» и «Великая княжна Ольга», а также два паровых катера и восемь стальных барж. Личный состав флотилии — десять штаб и обер-офицеров, четыре классных чиновника, шестьдесят вольнонаёмных служащих, и около трёхсот нижних чинов. Флотилия имеет форму морского образца и на пароходах при плавании руководствуются морскими уставами.
До 1894 года на судах флотилии плавали исключительно морские офицеры; с этого же года флотилия была передана из морского в военное ведомство и офицеры флота были заменены офицерами армии, имевшими звание штурмана или шкипера.
— Трудно плавать по Аму-Дарье, — сообщал нам словоохотливый капитан, сидя в кают-компании во время обеда. — Несмотря на то, что вот уже скоро пятнадцать лет как плавают суда нашей флотилии по реке, здешние воды во время каждого рейса всё ещё представляют собою много неизвестного и готовят подчас серьёзные сюрпризы. Причина этого, с одной стороны, кроется в том, что течение реки страшно изменчиво, а с другой, что на приведение фарватера в должный порядок не хотят делать денежных затрат. Каменные гряды в некоторых местах реки могли бы быть отлично взорваны даже при не особенно значительных расходах на эти работы. Затем мели и опасные места необходимо обставлять бакенами и вехами, что делается на каждой судоходной реке, но о чём здесь мы решительно не имеем никакого понятия.
Благодаря этому, постоянно изменяющийся здесь судоходный фарватер определяется по цвету воды на нём и по водяным струям. Способ такого определения вырабатывается продолжительными, в течение многих лет, наблюдениями за течением. Карт реки у нас нет, так как нельзя же считать картами схематические чертежи. Затем промеров специальных не делают, хотя последнее вряд ли бы и принесло существенную пользу. Благодаря огромному падению реки, течение Аму-Дарьи, в особенности летом, почти равняется силе водопада, и эта сила течения вследствие совершенно непонятных причин вдруг устремляется на какую-нибудь полосу берега и в течение двух-трёх часов песчаного полуострова в несколько вёрст длиною как не бывало, а вместо него промыт течением новый фарватер. На месте же старого фарватера, по которому неделю тому назад шёл пароход, образовался огромный остров, а от него тянется новая мель чуть не поперёк всей реки.
На нашу флотилию много нареканий и даже ходили слухи, что хотят передать её в руки общества «Кавказ и Меркурий», но если кто добросовестно изучит условия нашего пароходства, то признает, что мы делаем всё возможное и вполне выполняем поставленную флотилии задачу. Ведь кроме перевозки нижних чинов, новобранцев и запасных, мы перевозим также и значительное количество частных пассажиров, преимущественно туземцев — сартов и туркмен, — которые в начале пользовались пароходами крайне неохотно, а теперь так от них отбою нет. А войсковые и частные грузы? Ведь мы их перевозим больше полумиллиона пудов в год. Строго говоря, тот, кто отрицает значение и пользу, которую приносит аму-дарьинская флотилия для всей этой части Средней Азии делает огромную ошибку. Хотя в то же время нужно сказать, что сама флотилия нуждается в коренных реформах, которые необходимо возможно скорее провести, если не хотят погубить дело окончательно.
Высокая вода давала пароходу возможность довольно быстро подвигаться вперёд. Мутно-шоколадный цвет реки производил какое-то особенно странное впечатление, а уныло разнообразные картины берегов донельзя утомляли взгляд. Та же выжженная солнцем песчаная пустыня расстилалась по правому берегу реки. На левом же берегу темнела полоса растительности, среди которой порою виднелись глинобитные здания туркменских аулов, построенные в виде укреплений с высокими стенами. В некоторых местах почти у самого берега начинались засеянные поля. Огромные арыки, орошающие всю прибрежную полосу земли водою Аму-Дарьи, чернели своими устьями, имея вид широких речек, берега которых покрыты зарослями камышей. Порою пароход вспугивал своим шумом огромные стада водяной птицы, поднимавшиеся с громкими криками и долго потом кружившиеся в воздухе. Неуклюжие хивинские грузовые каюки, имевшие сходство с старинными волжскими расшивами, попадались часто нам навстречу. Быстро неслось такое судно по течению, и мы, проходя невдалеке, имели полную возможность рассмотреть его в деталях. Несколько человек полунагих хивинцев управляли ходом судна, внимательно направляя его по фарватеру. Нагруженный хлопком, камнями и мешками хлеба каюк сидел низко в воде и лишь его носовая часть высоко поднималась над поверхностью. Огромный неуклюжий руль с трудом поворачивали два человека, управлявших судном. По своим размерам каюк, по-видимому, мог поднимать до тысячи пудов груза. Построенное из брёвен в пять — шесть аршин длиною, скреплённых железными скобами, судно это, по-видимому, не отличалось прочностью и было тяжело на ходу. Стоимость его колеблется от трёхсот до пятисот рублей, причём постройка этих судов производится преимущественно в хивинских владениях.
— Обратите внимание на эту массу арыков, — указал капитан на сплошной ряд глубоких каналов, вырытых рядом один с другим, с промежутком не больше сажени, которые тянулись по берегу на значительном пространстве. — Всё это устраивается для того, чтобы во время половодья захватить возможно большее количество воды, необходимой для орошения полей. Когда арыки наполняются, то, чтобы задержать в них воду, устья их закрываются плотинами. В общем, несмотря на массу воды в реке, значение Аму-Дарьи в отношении орошения сравнительно с площадью орошаемой земли ничтожно. Нужно признать, что, по-видимому, река ещё не сыграла свою роль в Средней Азии. Обратитесь к истории и вы увидите, что было время, когда Аму-Дарья являлась источником жизни огромных густо населённых государств. Тогда площадь орошаемой её водою земли, если судить по остаткам старых арыков, была в сотню раз больше сравнительно с настоящим временем. Ведь, по сущности, эта река была когда-то торговым путём между Европой и Индией, но потом год за годом значение её в этом отношении уменьшалось. Лишь в будущем, с привлечением в этот край капиталистов, возможно, что значение её в оросительном отношении увеличится. Если создать систему водоподъёмных приспособлений, устроить водохранилища, то есть возможность оросить громадную площадь плодородных земель. Теперь же население постоянно ведёт с самыми незначительными средствами борьбу с двумя страшными врагами, уничтожающими и уменьшающими постепенно полосу культурной земли по левому берегу реки. Враги эти, с одной стороны, сама Аму-Дарья, отмывающая ежегодно значительную часть берегов во время половодья, а с другой, пустыня Каракум, которая заносит своими песками порядочную площадь культурной земли. Никаких задерживающих работ в этом отношении не производится.
— Однако, мы, вероятно, сегодня дойдём до Керков. Редко удаётся так быстро сделать этот переход. Обыкновенно, когда нет большой воды, так просто хоть караул кричи, всего двести вёрст, а идём их иногда шесть — десять дней. Измучаешься за это время до невозможности.