Виленский университет возник из Главной школы, в которую была преобразована Виленская академия (см. это слово). Его устав был подписан императором Александром I 18 мая 1803 года. По смыслу устава В. университет должен был играть роль не только высшего ученого и учебного учреждения, но и учреждения административного по учебной части, что выражалось, главным образом, в контроле над преподаванием и назначении преподавателей. Университет состоял из 4 отделений или факультетов: физических и математических наук, врачебных или медицинских знаний, наук нравственных и политических и наук словесных и свободных или изящных художеств. В первом отделении назначалось 10 кафедр, во втором — 7, в третьем — 10 и в четвертом — 5. Первыми ректорами и устроителями университета были Стройновский и Снядецкий (до 1816 г.). Стройновский много заботился о привлечении в университет научных сил из-за границы: при нем и позже имена Гроддека (известного филолога) и двух Франков (медиков) служили лучшим украшением университета. Скоро университет стал давать и из среды своих учеников хороших преподавателей для училищ, а затем и для самого университета. Самостоятельный в управлении (зависимость от попечителя округа, Адама Чарторыйского, была весьма незначительна), обеспеченный в материальных средствах и богатый научными силами университет успешно боролся с неприязненными ему иезуитами и быстро шел по пути к процветанию. Во время ректорства Снядецкого, математика по специальности, особенно выдавались факультеты физико-математический и медицинский. С 1820 года получили громкую европейскую известность и другие два факультета, когда кафедру истории занял Иоахим Лелевель, философии — Голуховский, ученик Шеллинга, местных законов — Данилович, а статистики и дипломатии — Княжевич.
В. университет рано стал центром польских патриотов, мечтавших о возвращении своей родине ее прежнего самостоятельного положения. При нем стали возникать разные патриотические общества, большая часть которых была закрыта с назначением попечителем округа, на место Чарторыйского, Новосильцева, в 1824 г. Из среды его в большом числе выходили польские пропагандисты, и наконец он едва ли не в целом своем составе принял участие в польском восстании 1830—31 гг. Последнее обстоятельство и послужило главной причиной к его закрытию указом от 1 мая 1832 г., с тем, однако, чтобы медицинское и богословское отделения были переданы в ведомство министерства внутренних дел для преобразования первого в медико-хирургическую академию, а второго — в духовное училище. Закрывая В. университет, правительство не хотело лишить край высшего образования. Указом того же года предписывалось устройство высшего лицея в г. Орше и приступлено было к работам, но в 1834 г. они были прекращены, и назначенные для них денежные суммы переведены на устройство Киевского университета (св. Владимира). Ср. Шульгин, «Исторический обзор учебных заведений в юго-западной России» (в «Русском слове» за 1859 г., № 9); Владимирский-Буданов, «История Императорского университета св. Владимира» (Киев, 1884); «Виленский вестник» (за 1869 г., №№ 22—56, ряд статей о тайных обществах, возникших при университете, и о последних годах его).