Виленская иезуитская академия была преобразована в 1579 г. из иезуитской коллегии, возникшей в Вильне в 1570 г. Даровавший последней права академии и исходатайствовавший у Папы Григория XIII ее утверждение польский король Стефан Баторий сравнял ее в правах с Краковской академией и назначил первым ее ректором знаменитого Петра Скаргу (см. это имя). В 1586 г. академия имела уже до 84 профессоров и более 700 учащихся. При академии с самого ее основания была устроена бурса для бедных воспитанников, в которой они пользовались даровым помещением, столом и нередко одеждой. Преемники Стефана не менее его содействовали процветанию академии. Соревнование с Краковской академией послужило к увеличению в 1641 г. Виленской академии двумя отделениями (или факультетами): «гражданского права» (юридическим) и «каноническим» (богословским). Первый, впрочем, как нелюбимый иезуитами, часто оставался без профессоров, а в XVIII веке до 1760 года считался даже закрытым.
В. академия подразделялась на 7 классов и обнимала все ступени школьного образования, начиная с низших. Учили в ней, главным образом, средневековой латыни, схоластической риторике и богословию. Медицинские, естественные и высшие математические науки не преподавались. История была приноровлена к иезуитским целям, т. е. совершенно извращена. География и математика сообщались в весьма малых объемах. Едва ли не главными занятиями учеников были слушание литургии, ежемесячное говение, участие во всех торжественных процессиях, прислуживание при богослужении, прочтение ежедневно многих молитв (все учащиеся были записаны в братство Божией Матери), участие в представлениях, даваемых в честь короля и разных вельмож, заучивание для них речей, стихов и т. п.
Знаменитая в первой половине XVII ст. учеными братьями Кояловичами (Восюк и Альберт) В. а. впоследствии до половины XVIII в. не имела хороших профессоров и подготовляла лишь жестких и рьяных борцов за католичество. Только с половины XVIII века в ней стали преподаваться науки математические (высшие), естественные и юридические. Около этого времени и получают европейскую известность ее молодые ученые: Мартин Почобут, впоследствии знаменитый астроном, и Адам Нарушевич, автор «Истории польского народа». Удар, постигший иезуитов в 1773 г., отразился и на В. академии: она была закрыта и возродилась только в 1780 г., просуществовав под именем Главной школы Великого княжества Литовского еще 23 года. Ср. Baliński, «Dawna akademia Wileńska» (СПб., 1862 г.).