князьямъ Николаю и Михаилу Павловичамъ, а въ мартѣ 1819 года онъ назначенъ былъ предсѣдателемъ конференціи въ только-что открывшемся С.-Петербургскомъ университетѣ. Съ перваго взгляда не легко объяснить рѣшеніе Кукольника, продолжительною службою и учоными трудами достигшаго столь прочнаго и почётнаго положенія въ Петербургѣ, переселиться въ отдалённый и глухой край: это рѣшеніе можно объяснять только его слабымъ здоровьемъ, требовавшимъ и лучшаго климата и болѣе покойной жизни, здоровьемъ любимой дочери, на что указываетъ его сынъ, а также убѣжденіями графа, его ученика.
Какъ бы то ни было, Кукольникъ, снабжонный всѣмъ необходимымъ и девятью тысячами на первоначальныя нужды при открытіи новаго заведенія, немедленно отправился въ путь и прибылъ въ Нѣжинъ въ концѣ августа 1820-го года. Тогдашній попечитель харьковскаго учебнаго округа 3. Я. Карнеевъ, которому Кукольникъ двумя письмами, изъ С.-Петербурга и Нѣжина, сообщилъ о своёмъ назначеніи и прибытіи на мѣсто службы, съ большимъ уваженіемъ отнёсся къ достоинствамъ перваго директора гимназіи высшихъ наукъ. «Будучи удостовѣренъ въ отличныхъ вашихъ достоинствахъ», пишетъ Карнѣевъ, «я сердечно радъ, что Богъ благословилъ имѣть мнѣ васъ помощникомъ въ устроеніи такого учебнаго заведенія, которое обѣщаетъ великую для мало-россійскаго края пользу. Весьма жаль, что вамъ не можно было побывать у меня въ проѣздъ вашъ изъ С.-Петербурга. Намъ непремѣнно нужно побесѣдовать лично о всѣхъ тѣхъ мѣрахъ, какія потребны къ неукоснительному устройству ввѣренной вамъ гимназіи, въ чёмъ чрезъ переписку весьма трудно успѣть, потому болѣе, что уставъ для Нѣжинской гимназіи не составленъ и ещё неизвѣстны мнѣ въ подробности всѣ способы, г. почётнымъ попечителемъ предлагаемые.»
Вслѣдъ за тѣмъ начинается весьма энергическая дѣятельность Кукольника по первоначальному устройству заведенія и по открытію курсовъ. Нужно было обзаводиться всѣмъ, нужны были деньги, рабочія руки, прислуга, помощники, наконецъ преподаватели. А между-тѣмъ ещё въ сентябрѣ собралось «значительное число юношества, изъявившаго желаніе поступить въ нѣжинскую гимназію, что обязывало директора ускорить открытіемъ курсовъ. Понятна та тревога, тѣ хлопоты, непріятности, среди которыхъ вдругъ очутился почтенный, но слабый здоровьемъ, директоръ. Должно съ глубокимъ сочувствіемъ относиться къ той готовности удовлетворять всѣмъ нуждамъ зарождавшагося заведенія, какую въ своей перепискѣ постоянно обнаруживалъ почётный попечитель; но онъ былъ далеко и на переписку съ нимъ, какъ и съ харьковскимъ попечителемъ, уходило много времени, а нужды, требовавшія немедленнаго удовлетворенія, возникали непрерывно.
О деньгахъ меньше всего приходилось безпокоиться. На 210 тысячъ, пожертвованныхъ княземъ А. А. Безбородко, къ 1820 году наросло процентовъ 169,108 рублей 57 копѣекъ; изъ нихъ девять тысячъ выдано было Кукольнику, при отъѣздѣ изъ Петербурга, на первоначальныя нужды гимназіи. «По сношенію моему съ министромъ финансовъ», пишетъ министръ народнаго просвѣщенія и духовныхъ дѣлъ отъ