Протопопов, Семен Михайлович, дьяк. В 1655 году он находился «на Сытном дворе», а в 1663 году был подьячим в гор. Ладоге. В 1666—67 году с братом своим Григ. Михайл. (также подьячим) отправлен был с посольством думного дворянииа Богд. Ив. Ордина-Нащокина в Польшу. В 1672 году, 10-го декабря, он послан был к Польскому королю с поручением сообщить об военных успехах русских под Перекопом и Азовом. Так как в то время Польша находилась, вследствие неожиданного нападения на нее султана, в затруднительном положении, то эта весть доставила королю большую радость; 22-го января 1673 года он принял Протопопова; вернувшись в Москву 14-го марта, П. передал грамоты короля с выражением благодарности царю за сообщение. В 1674 г., 10-го июня, во время похода на богомолье, Государь, находясь в селе Воробьеве, отправил оттуда Протопопова с доктором Рингубером в Саксонию. Выехав 30-го июня, они 17-го сентября прибыли в гор. Готу (в Саксонии), а 19-го сентября были приняты курфюрстом Эрнестом, несмотря на то, что курфюрст был болен. В ответе, присланном государю, курфюрст выражал благодарность за помощь Польскому королю, его союзнику, и давал советы, направленные против турок. Отпущенные курфюрстом 29-го сентября, Протопопов с товарищами прибыли 14-го декабря в Москву и доставили Государю грамоту. В ноябре следующего (1675) года Протопопов назначен был гонцом к императору в Вену, чтобы известить о скорой присылке посольства с окольн. Вас. Сем. Волынским во главе. Когда же решено было посольства этого не посылать, то отменена была и отправка гонца. Когда 30-го января 1676 года скончался царь Алексей Михайлович, Протопопов назначен был гонцом в Данию и Швецию с известием об этом и о вступлении на престол Феодора Алексеевича. Отправленный с таким поручением, с прикомандированным к нему толмачом, Протопопов получил 150 руб. денег, да на 50 рублей соболей; кроме того, для найма корабля ему было выдано 100 ефимков. В том же году Протопопов сделался дьяком, а с сентября 1677 года был в Разбойном Приказе. В ноябре 1678 года он с ближним боярином Ив. Вас. Бутурлиным, окольничим Ив. Ив. Чаадаевым, да с думн. дворянином Л. Т. Голосовым, назначен был в посольство к Польскому королю с целью размена ратификациями договора, постановленного польскими послами в Москве и уговора послать пограничных комиссаров. Для отправления этого посольства велено было выдать послам жалование, причем С. М. Протопопов получил 400 руб. 21-го января 1679 г. послы были приняты в г. Гродно (где был созван сейм). Так как послам по какому-то поводу в переговорах встретилось затруднение, а для разрешения его они не имели надлежащих инструкций, то 8-го апреля они отправили по тому делу к Государю С. М. Протопопова. Протопопов, по выполнении поручения, не был возвращен в посольство: с инструкциями был послан подьячий Казанского приказа Тим. Протопопов, а Семен Протопопов сделался 19-го мая 1679 года дьяком Посольского Приказа и, одновременно, дьяком Малой России и Устюжской четверти, подчиненных этому Приказу. В 1681 году, 7-го января, Протопопов вновь послан был в посольстве к Польскому королю, — на этот раз с думным дворянином Ив. Аф. Желябужским. Послам поручено было требовать решительного ответа по вопросу о наступательном союзе против турок и татар. 19-го февраля 1681 года послы прибыли в Варшаву. Посольство это потерпело неудачу: оно не только не достигло благоприятных результатов, но король велел отсрочить начало работ пограничной комиссии. 2-го июня 1681 года послы были отпущены из Варшавы, а 11-го июля прибыли к Москве. В 1681 году, по возвращении в Москву, Протопопов сделался дьяком Большого Дворца, но вскоре опять стал дьяком Посольского Приказа; в этом звании он упоминается в церемониале венчания на царство царей Иоанна и Петра Алексеевичей (25-го июня 1682 года).
«Акты Архивн. Экспед», т. I, стр. 425; т. III, стр. 179; т. IV, стр. 367; «Акты Истор.», т. I, стр. 219; т. IV, стр. 334; т. V, стр. 94, 130, 141; «Доп. к Акт. Истор.», т. VI, стр. 106; т. IX, стр. 69, 105, 106, 134, 142—144, 159, 348; т. X, стр. 30, 146, 148, 161, 177, 217, 402, 413; «Древн. Росс. Вивлиоф.», изд. 2-ое, кн. VІI, ч. VIII, стр. 417, 421; кн. XX, ч. III, стр. 371, 388; «Памятн. Диплом. Снош.», т. III, т. V, т. VI, т. VIII; «Русская Истор. Библиот.», т. XI, стр. 494; т. XII, стр. 558; «Разрядные книги», изд. 2-м Отд. Собств. Е. И. В. Канцеляр., т. II, стр. 1247, 1334, 1336; Н. Н. Бантыш-Каменский, «Обзор внешн. снош.», т. І, стр. 26, 230; т. II, стр. 18; т. III, стр. 145, 151, 153; С. М. Соловьев, «История России»; П. Иванов, «Указатель к боярским книгам».