Афанасий, митрополит всероссийский, до пострижения Андрей, протопоп Благовещенского собора в Москве, родом из Переяславля. Будучи духовником царя Иоанна Васильевича Грозного, протопоп Андрей сопровождал его в 1552 г. в походе под Казань и 6-го октября того же года освящал построенную там церковь Благовещения; в 1554 г. он священнодействовал при крещении в Чудовом монастыре царевича Иоанна; в 1555 г. он помогал митрополиту Макарию обновлять чудотворную икону св. Николы Великорецкого, равно как писать с нее не мало образов. Постриженный в 1562 г. в монахи, Афанасий два года пробыл иноком Чудова монастыря, а затем, по смерти митрополита Макария, избран 24-го февраля 1564 г. на его место и 5-го марта хиротонисан. При избрании Афанасий получил от царя грамоту (она подтверждена царем Борисом патриарху Иову в 1599 г.), в которой сказано, что духовенство патриарших монастырей и все люди, служащие ему и живущие на его землях и землях его монастырей, подлежат только патриаршему суду, исключая душегубства; кроме того, крестьяне патриаршие и его монастырей освобождены от разных повинностей. 16-го марта 1564 г. Афанасий утвердил уставную грамоту митрополита Макария, данную Вологодскому Спасо-Прилуцкому монастырю. В 1565 и 1566 (в конце апреля) годах он ручался царю, вместе с прочими духовными особами, за боярина И. П. Яковлева и за князя M. И. Воротынского. Афанасий дополнял Степенную книгу, как это делали и после него. 16-го мая 1566 г. Афанасий добровольно оставил, за немощью, митрополию и возвратился в Чудов монастырь. Живя на покое, он возобновил, в 1567 г., образ Владимирской Божией Матери. В 1568 г. Афанасий был еще жив.
«Собр. государ. грамот и договоров», тт. I и II (по указателю). — «Сборник князя Хилкова», СПб., 1879 г., стр. 2—3. — Н. М. Карамзин, «История Государства Российского», т. VIII и ІХ (изд. Эйнерлинга). — Филарет, «Обзор», стр. 162. — «Полное собр. летописей» (по указателю). — «Степенная книга» (по указателю). — Строев, «Списки иерархов», стр. 5. — С. M. Соловьев, «История России». книга II, 6—10, стр. 165, 166 и 170, изд. товар. «Общ. Пользы». — «Allgemeines Künstler-Lexicon». Leipzig, 1872, стр. 109. — H. П. Собко, «Словарь русских художников», т. I, стр. 167—168. — Митр. Макарий, «История русской церкви», т. VI, стр. 290 и след.