Юрьевский университет, бывший дерптский — учрежден в 1802 г., но первоначальное его возникновение относится к гораздо более отдаленным временам. Еще в 1630 г., через 5 лет после занятия Лифляндии шведами, в Дерпте была основана гимназия, которая в 1632 г. была расширена в университет. Учрежденный под названием Acadeinia Gustaviana, университет получил все права и преимущества упсальского и имел 19 профессоров, распределенных по 4 факультетам. За 24 года его существования в нем было имматрикулировано 1016 студентов (из них более половины шведов). В 1656 г., при царе Алексее Михайловиче, Дерпт был завоеван русскими; профессора и студенты разбежались. Некоторые профессора сделали попытку продолжать свои курсы в Ревеле, где в 1665 г. числилось 60 студентов. Через 5 лет Дерпт был вновь занят шведами, но университет начал функционировать лишь в 1690 г., по инициативе короля Карла XI, под именем Academia Gustaviana Carolina, с 10 профессорами. Когда опять возникла война между Швецией и Россией, университет в 1699 г. был перенесен в Пернов. Но в 1710 г. русские войска подступили и к Пернову. Чтобы спасти свою «академию», лифляндское дворянство в «аккордных пунктах» просило Петра I о сохранении университета. Петр согласился, под условием, что «университет при взятии города не окажет сопротивления». Дозволив «рыцарству вместе с верховным консисториумом назначать и предлагать искусных профессоров», Петр I предоставил себе право назначать в университет особого профессора славянского языка. Несмотря на все это, университет перестал функционировать, так как профессора-шведы покинули Дерпт и переселились в Швецию. Затем в течение почти столетия Остзейский край был лишен высшего учебного заведения. После Петра I начинается ряд ходатайств о восстановлении университета в Лифляндии, в 1725, 1730, 1754, 1764 и 1768 гг., но до кончины императрицы Екатерины II ходатайства эти не дали никаких положительных результатов. Новую эру в вопросе об университете в Остзейском крае открыло воцарение императора Павла I. В 1798 г. издан был указ, коим воспрещалось отправлять для занятий наукой молодых людей за границу, а для того чтобы остзейское юношество не было лишено высшего образования, было предложено курляндскому, эстляндскому и лифляндскому рыцарству избрать приличное место для учреждения университета и устроить оный. План, выработанный дворянством, получил Высочайшее утверждение в следующем году. Комиссия кураторов вела приготовления к открытию университета очень энергично. В декабре 1800 г. последовал указ об учреждении университета не в Дерпте, а в Митаве, но 12-го марта 1801 г. император Павел скончался, и 12-го апреля император Александр I повелел основать университет, согласно прежнему плану, в Дерпте, «по причине положения оного в средоточии трех губерний: Рижской, Ревельской и Курляндской». Торжественное открытие нового дерптского университета последовало 21 и 22 апреля 1802 г., а лекции начались 1 мая. Когда было учреждено министерство народного просвещения и университет перешел под его высшее руководство, возник вопрос о материальном обеспечении университета. 12 декабря 1802 г. император Александр I подписал «Акт постановления для Императорского университета в Дерпте»; день этот сделался впоследствии днем ежегодного университетского акта и торжества. Главным деятелем на пользу университета явился при этом Г. Ф. Паррот (1781—1852), впоследствии его ректор. 8 сентября 1803 г. утвержден устав университета, коим ему предоставлялась полная автономия. Он получал привилегию «иметь свою внутреннюю расправу и полное начальство над всеми членами своими, подчиненными, равно над их семьями»; он ведал все дела, «до сих лиц касающиеся», разбирал долговые претензии, производил первоначальное расследование по уголовным делам. Университету, таким образом, была дана широкая гражданская и уголовная юрисдикция. Апеллировать на приговор университетского суда можно было только к правительствующему сенату. Университетскую корпорацию составляли профессора, которые выбирали из своей среды всех должностных лиц, в том числе и ректора; во главе корпорации стоял «совет», непосредственно подчиненный только министру народного просвещения. Так как дворянство пожертвовало на университет 40000 руб., то ему предоставлено было право участвовать в управлении делами университета; выборные из дворян кураторы заведовали хозяйственной частью. Университет «имел собственную цензуру для своих сочинений» и бесконтрольно выписывал из-за границы необходимые книги. Как «ученое заведение», университет разделялся на 4 отделения: философское, врачебное, юридическое и богословское; это деление просуществовало до 1850 г., когда философский факультет распался на историко-философский и физико-математический. В университет, по держании «искуса», принимались люди всякого звания и состояния, русские подданные и иностранцы. Студенческая жизнь до мелочей регламентировалась уставом; так, например, определялась сумма, которую студент мог тратить на те или другие нужды. В 1804 г. повелено было воспретить городовому начальству «открытие в Дерпте театра с тем, чтобы и впредь оного не иметь». Однако студенческая жизнь с самого начала вышла из назначенных ей рамок. В 1804—1805 гг. происходили бесчинства, заставившие усилить надзор за студентами. С 1808 г. начинают возникать корпорации; первой была «Curoma», затем в 1821—23 гг. учреждены «Estonia», «Livonia» и «Fraternitas Rigensis». Правительство не придавало значения этим организациям и допускало их свободное развитие. В 1820 г. устав 1803 г. заменен новым, коим введены лишь некоторые ограничения при производстве следствия и суда над студентами за нарушение благочиния. Признаны были также «вредными и несовместимыми с обязанностями студентов» их корпорации, но вскоре за тем они были вновь разрешены. В 1819 г. издано было «Положение о производстве в ученые степени». Устав 1820 г. действовал до 1865 г. В 20-х гг. дерптский университет считался выдающимся по составу преподавателей и с 1828 г. получил значение института для подготовки профессоров в другие русские университеты. В отчете графа Уварова в 1833 г. дерптскому университету отведено «значительное место в ряду наших высших учебных заведений», но русский язык признается «недовольно уваженным предметом». Устав 1835 г. усилил контроль над университетами со стороны попечителей учебных округов. Этот контроль распространен в 1837 г. на дерптский университет; во главе его стоял тогда попечитель Крафтштрем (1835—1854), управление которого причисляется к наиболее тяжелым временам дерптского университета, тем более что к нему применили ст. 80-ю общего Устава, предоставлявшую министру по собственному своему усмотрению назначать профессоров. На практике свобода выбора и приглашения преподавателей сохранилась до 50-х годов. В 1836 г. решено усилить значение русского языка, как предмета преподавания; в 1837 г. учреждена должность лектора русского языка в университете. В 1838 г., благодаря графу Уварову, разрешено, кроме корпораций, устройство при университете «студенческих обществ, имеющих ученую цель», а также занятия литературой и искусством, организацию спектаклей и проч. В 1850 г. отменено было избрание ректора из среды профессоров; в 1852 г. даны особые секретные инструкции для наблюдения за поведением студентов и за духом преподавания. Профессора не «смели дозволять себе никакого, хотя бы и безвредного отступления» от программы; прекращено было преподавание государственного права европейских держав; философию преподавал профессор православного богословия. Для философского и юридического факультетов установлен комплект в 300 студентов. Университетский устав 1863 г., восстановивший академическую автономию, но с удержанием власти попечителя, внес (1865 г.) соответственные изменения и в положение дерптского университета. Университет продолжал оставаться немецким по составу профессоров и студентов, но с 1880-х годов начинаются попытки усиленной русификации, и в 1889 г. повелено распространить на него университетский устав 1884 г. Многие из профессоров-немцев оставили университет; кафедры их были замещены русскими преподавателями. Программы были изменены применительно к учебным планам других университетов, введены экзамены в испытательных комиссиях, усилена власть ректора и правления университета и т. д. 27 декабря 1893 г. дерптский университет переименован в Ю. университет. По отношению к студентам вводятся новые правила; с 1896 года начинает действовать студенческая инспекция. Состав русского студенчества увеличился, благодаря допущению в университет окончивших курс в духовных семинариях, которые стали стекаться сюда со всех концов России. Студентов к 1 января 1903 г. было более 1800. В 1902 г. Ю. университет праздновал столетие своего существования.
Ср. Е. В. Петухов, «Латино-шведский университет в Дерпте и Пернове в XVII и начале XVIII в.» («Журнал Министерства Народного Просвещения», 1901, № 5), его же, «Вопрос об университете в Лифляндии в XVIII в.» («Журнал М. Н. Пр.», 1901, № 9); его же, «Возникновение и первоначальная организация дерптского университета в начале XIX в.» («Журнал М. Н. Пр.», 1901, №№ 10, 11, 12, 1902, № 1). См. также юбилейное издание Ю. университета.