Эндоспоры или эндогенные споры представляют у бактерий стадию покоя. При образовании внутри тела бактерий Э., протоплазматическое содержимое бактерий сгущается, сжимается и окружается бесцветной, плотной оболочкой, которая может быть гладкой у большинства видов, а у некоторых инкрустированной (Bacillus asterosporus A. Meyer).
Такая образовавшаяся спора отличается сильным лучепреломлением и некоторое время остается заключенной внутри материнской оболочки, но потом эта оболочка распускается в окружающей жидкости, и спора становится свободной. Какие изменения происходят во время образования эндогеновых спор внутри клетки, точно еще неизвестно. По мнению Эрнста, значительную роль в этом процессе играют хроматиновые зерна, находящиеся внутри бактерий и названные поэтому «спорогенные зерна».
У большинства бактерий внутри каждой клетки образуется по одной споре, но известны виды, у которых таких спор несколько: две — у Bacillus uiflatus A. Koch (фиг. 4), Dispora caucasica Ed. Kern, больше чем две споры наблюдалось проф. Сорокиным у описанного им Spirillum endoparagogicum(фиг.5), но в общем этим почти и ограничивается число тех форм, у которых больше одной споры в одной клетке.
Величина спор у некоторых форм сравнительно значительна; так, у Clostridium butyricum 2—2,5 μ длины и 1 μ ширины, у других видов величина их несколько меньше; так, у Bacillus subtilis длина 1—2 μ, при ширине в 0,6 μ. Перед образованием спор у некоторых форм изменяется внешний вид самой спорообразующей клетки; так, у рода Clostridium она вздувается веретенообразно, у других, как, напр., у Bacillus tetani, Vibrio rugula — вздувается один из концов, в котором и образуется спора. Э. обладают необыкновенной сопротивляемостью по отношению к холоду, высокой температуре, сухости и т. п. Так, споры Bacillus subtilis способны выдерживать трехчасовое нагревание при 100°, гибнут же они только при 110° при нагревании в течение 5 минут. Эта способность выдерживать без вреда такие сильные нагревания объясняется незначительным количеством воды внутри споры и толщиной оболочки, состоящей обыкновенно из двух слоев. Толщиной оболочки объясняется также трудность окрашивания их обыкновенными бактериальными красками. Для окрашивания их приходится прибегать к сложным приемам двойной окраски. Прорастают Э., только попадая в благоприятные для этого условия; при этом подмечено несколько способов прорастания. Первый способ, который наблюдается, напр., у Bacillus anthracis, заключается в том, что спора постепенно набухает, достигает величины вегетативной клетки, а внешний слой оболочки (exosporium) растворяется (фиг. 6).
Второй способ (напр., у Clostridium butyricum, фиг. 3 и 7) заключается в том, что оболочка споры лопается на одном из полюсов её и из отверстия выходит новая клетка. Третий способ наблюдался, напр., у Bacillus subtilis, Bacillus Megaterium и отличается от второго тем, что оболочка лопается не на полюсе а на экваторе (фиг. 1, 8 и 9).
Особый способ представляет прорастание спор у Spirillum endoparagogicum Сорокина; у этого организма споры прорастают внутри материнского тела (фиг. 5 и 10).