Протонотарий — первый или главный секретарь высшей судебной инстанции; в Константинопольском патриархате второе после патриарха лицо. В средние века протонотарий, входя в состав второй пентады (пятерицы), заведовал входящими и исходящими бумагами, относившимися к патриарху; по повелению патриарха писал указы всем патриаршим сановникам и другим властям, и докладывал ему дела, поступавшие от них, или от кого бы то ни было к патриарху; сверх того, П. два раза в год поверял образ действий законников (νομικός), действовавших от лица церкви или имевших иски в судах церковных, и обозревал разные церковные документы, чтобы убедиться в их целости, наличности и в их законности. При патриаршем служении П. стоял в алтаре для служения патриарху, перед возношением св. даров подавал ему воду для омовения рук и держал дикирий.
См. иеромонах Павел, «О должностях и учреждениях по церковному управлению в древней восточной церкви» (СПб., 1858) и «О чинах патриаршей константинопольской церкви в средние века» («Православный Собеседник», 1868, ч. III).
Папские или апостолические П. составляют особую коллегию (протонотариат) из 12 выдающихся духовных сановников, которая ведает все относящиеся до церкви торжественные акты, в том числе процедуру канонизации святых, завещания кардиналов, и должна сопровождать папу вне Рима.