Менее переработаны отрывки об отце Сергии в затворе, об исцелениях и пр., как и начало эпизода с Маковкиной (почти без изменений). Начиная со страницы 15, идет новая черновая запись Толстого, представляющая собою продолжение повести (этим заняты последние две страницы чертковской копии и все последующие страницы автографа).
Вторая часть рукописи (автограф) содержит изложение двух основных эпизодов повести: ночь с Маковкиной и случай с купеческой дочерью. Черновая запись заканчивается убийством Марьи (не вошло в окончательную редакцию) и уходом отца Сергия из монастыря.
В тексте на полях двух страниц занесены два кратких конспекта. На одной странице:
Осуждение монахов. Их смирение и покорность церкви.
В нем поднимается честолюбие монашеское, но он поборает его и гордится этим. От этого так жестоко отвечает.
На другой:
Он поехал к старцу и покорился ему. Старец дает послушание, жизнь в скиту. Просит благословения на затвор.
Вся рукопись вложена в обложку с надписью рукою М. Л. Толстой: «Отец Сергий. 1891 год. Лето». Извлекаются варианты №№ 2, 4—7.
3. Копия рукописи № 2 рукою М. Л. Толстой с поправками автора. 52 лл. 4° и 2 отрезка. На обложке рукою М. Л. Толстой обозначено: «3 июль 1891 год. Отец Сергий». В конце копии — автограф продолжения повести: раздумье Сергия о самоубийстве, о невозможности молиться («бога не было»), краткий сон, воспоминание о девочке Пашеньке, о ее дальнейшей жизни. Запись обрывается на словах: «Он знал город, в котором живет, — это было за 300 верст, и пошел туда».
4. Часть машинописной копии рукописи № 3. 1 л. и небольшой отрезок второго листа на тонкой бумаге большого почтового формата, заполненной текстом с одной стороны, с поправками Толстого. Это остаток большой машинописной копии, представляющей собой вступление к повести (начало биографии Касатского-Ростовцева). Остальная часть машинописи, то есть нижний отрезок второго листа и еще несколько страниц, переложена в рукопись № 6. Начало: «В сороковых годах в гвардейском кавалерийском полку». Конец: «и из бедных, ловких, подделывающихся к первым и вторым».
5. Автограф. 2 лл. 4°. Исписаны три страницы. Начало: «Отец Степана Касаткина, отставной полковник гвардии». Конец: «отец его никогда не был придворным». Извлекается вариант № 3.
6. Черновики последней редакции. 15 лл. 4°, 6 лл. большого почтового формата, 1 л. почт. формата и 5 отрезков. Рукопись состоит из следующих текстов: в основу положена копия первой (эпистолярной) редакции отрывка повести, сделанная рукою М. Н. Ростовцевой. Это начало повести (воспитание Касатского-Ростовцева, его характеристика) заканчивается описанием четырех слоев «высшего общества». Первая страница копии заменена новым авторским вариантом. Вложены листы машинописи из рукописи № 4. Переработано начало повести в целях оживления вступительной
