Влияние фамилии Фудживара при дворе сменилось влиянием клана Таира, и министры назначались из среды их вождей. В царствование императора Рокуджо (1166—1168), в 1167 (2-й год Ниннан) Таира-Но-Кийомори был назначен министром-президентом (Даджо-Дайджин), и занял такое же положение при дворе и в управлении, какое раньше принадлежало Фудживара. Это считается второю ступенью укрепления шогуната.
Гражданское и военное преобладание клана Таира длилось недолго, благодаря его неумелой политике. В царствование восемьдесят первого императора Антону (1180—1183) Минамото-Но-Иоритомо восстал в провинции Идзу и пошёл войной на род Таира с целью восстановить военный престиж своего клана (1180, 1-й год Джишо); в знаменитом морском бою при Дан-по-ура Таира были окончательно разбиты (1185, 1-й год Бунджи.) Затем Иоритомо обратился к императору (восемьдесят второму, Го-Тоба, 1183—1198) с предложением ввести военное управление в Японии, как единственный для той эпохи способ восстановить мир и порядок в государстве, столь пострадавшем от многократных войн и мятежей.
Император согласился на это предложение, и Иоритомо перенёс свою резиденцию и центр деятельности в Камакуру (провинция Сагами), положение которой давало ему возможность господствовать и руководить силами Минамото во всей стране. Он посадил своих главных приверженцев в лучших стратегических пунктах Японии на правах военных губернаторов, которые должны были сноситься с Камакурою, как с центром военного управления. Эта система администрации, введенная Иоритомо, послужила основой того феодализма, который царил над Японией в течение семи столетий слишком.
В 3-й год Кенкью (1192) император снова назначил Иоритомо "Сей-И-Тайшиогун"-ом, или главнокомандующим в войне против варваров. Пост "Сей-И-Тайшогуна" был впервые учреждён пятидесятым императором, Кваиму (782—805), поручившим Сакано-уэ-Но-Тамурамаро подавить восстание племени Айно, обитавшего в то время в северной части главного острова Японии. Далее, при пятьдесят втором императоре, Сага (810—823), на ту же должность для той же цели был назначен Буния-Но-Ватамаро. До Иоритомо было только два случая назначения на этот пост, почему звание "Сей-И-Тайшогуна" и не считалось наследственным; оно устанавливалось на время, в случае необходимости отразить нападение варваров или подавить возстание Айнов. Когда эти последние были окончательно покорены, ещё до Иоритомо, это звание потеряло прежний смысл, стало употребляться для обозначения главного начальника военного управления, и, как таковое, стало наследственным. Термин "Тайшогун", сокращенное в "шогун", со времени Иоритомо стал употребляться для обозначения упомянутой должности и отмечает момент наступления шогуната.
Возвышение и падение шогуната Токугавы.
Как мы уже заметили раньше, феодальная система правления была впервые введена Иоритомо, дополнена Ашикагой Такауджи, первым шогуном шогуната Ашикага (1338—1573), и окончательно завершена Токугавой Иеяси, родоначальником шогуната Токугавы (1603—1867).
