Въ Амстердамѣ Локкъ написалъ свое знаменитое Письмо о вѣротерпимости (Epistola de tolerantia). Въ немъ онъ проводитъ ту мысль, что всякое религіозное общество есть свободный союзъ на почвѣ свободнаго религіознаго убѣжденія; церковное общество христіанъ не можетъ признавать никакого другого Господина, кромѣ Христа, который сказалъ, что гдѣ двое или трое собраны во имя Его, тамъ и Онъ находится посреди ихъ; свѣтская власть не имѣетъ никакого права надъ религіозными обществами; тотъ, кто утверждаетъ, что онъ употребляетъ свѣтскую власть ради спасенія души своего ближняго, лжетъ; ибо даже противъ самой позорной порочности въ мірѣ никому не приходитъ въ голову употребить подобное принужденіе, которое въ данномъ случаѣ было бы конечно благодѣтельнымъ. Послѣдняя мысль очень напоминаетъ тѣ жалобы на современные Локку нравы, которыя встрѣчаются въ „Мысляхъ о воспитаніи“; но еще болѣе характеризуетъ современныя ему обстоятельства то ограниченіе, которое онъ дѣлаетъ относительно вѣротерпимости, намекая на католическія тенденціи Стюартовъ, а именно: не можетъ быть терпимо: 1) такое религіозное общество, которое преслѣдуетъ идеи, вредныя для гражданскаго общества, 2) такое, которое требуетъ для себя какихъ либо внѣшнихъ привилегій, 3) такое, которое обращается къ защитѣ чужеземнаго государя и наконецъ 4) такое общество, которое отрицаетъ существованіе Бога, потому что для атеиста не имѣетъ значенія клятва.
Осенью 1686 года Локкъ переселился въ Утрехтъ, такъ какъ амстердамская зима могла грозить его здоровью. Однако онъ не долго оставался здѣсь, такъ какъ городскія власти опасались дать пріютъ политическому изгнаннику. Поэтому онъ переѣхалъ въ Роттердамъ, гдѣ и прожилъ остальное время своего изгнанія въ домѣ англійскаго квакера, богатаго купца Фёрлея. Здѣсь онъ былъ посвященъ въ планы англійскихъ эмигрантовъ; но въ какой степени онъ принималъ участіе въ этихъ планахъ, сказать трудно; однако извѣстно, что благосклонность къ нему Вильгельма Оранскаго, будущаго короля Англіи, начинается именно съ этого времени.
