Сие и многое другое писал Иннокентий к Аркадию, отлучая его и Евдоксию от Божественных Таин, а вместе с ними и всех сообщников их, которые участвовали в низвержении святаго Иоанна. Феофила же отлучал не только от сана, но и от Церкви и призывал его на соборный суд, чтобы получить заслуженное наказание.
Гонорий с своей стороны написал брату Аркадию:
«Я не знаю каким искуплением ты прельстился, брат, доверившись жене своей и, по ее настояниям, устроив то, чего не сделал бы ни один благочестивый царь христианский. Находящееся здесь епископы и преподобные отцы вопиют против вас с царицей за то, что вы низвергли с престола без суда и вопреки канонам великого Божия архиерея Иоанна, и, истомив его жестокими муками, предали насильственной смерти».
В конце этого письма Гонорий призывал Аркадия принести покаяние пред Богом и отмстить тем, которые были виновниками изгнания Иоанна. Получив послание от брата и от папы, император Аркадий впал в сильную скорбь и страшную боязнь. Разыскав в городе тех, которые восставали против Иоанна, он предал их различным казням: одних подвергнул усечению мечом, иных с бесчестием лишил сана. Некоторых епископов, судивших святаго Иоанна и находившихся тогда в Константинополе, царь повелел схватить и с позором заключить в народной темнице; в числе таких находился и Иехирион, сын Феофилова брата. К самому же Феофилу он писал весьма строгое письмо, повелевая ему быть готовым к суду в Солуни, чтобы восприять достойное наказание за свою злобу. Не избежала гнева Аркадия и сама жена его, царица Евдоксия: Аркадий удалил ее от себя, заключил в отдельный дворец и всем, кроме рабыни, запретил к ней приходить. Вместе с этим он отправил в ссылку сродников царицы, которые вместе с нею злоумышляли на святаго, и у одних из них отобрал имения, а других заключил в темницы и подверг истязаниям и мукам. Затем он написал к папе Иннокентию о всем, что он сделал, смиренно и с раскаянием испрашивая у него прощения. Он писал также и к брату Гонорию, прося его умолить папу снять с него отлучение. Вскоре Аркадий получил просимое.