Святый митрополит Московский Иона преставился 31 марта 1461 года. Зная святость его жизни, святитель новгородский поручил вышеназванному Пахомию Логофету составить канон. Вскоре после сего святитель Московский был причислен к лику святых.
В 1462 году, по смерти Василия, на престол великокняжеский вступил сын его Иоанн III. Святый Иона отправился по делам в Москву к новому князю. Он напомнил ему о том, что предрек еще его отцу, прибавив:
— Не презрит Господь молитвы стольких угнетенных, он рассеет орду, но пусть государь пребывает в благочестии и твердо хранит Заповеди Божии.
В то же время святитель просил великого князя подтвердить прежнюю грамоту для Отней пустыни, чтобы сия обитель имела право суда. Иоанн, глубоко уважавший святителя, охотно исполнил его просьбу. Он подтвердил грамоту, данную его отцом, и приложил к ней печать с своим собственным изображением.
В то время произошло печальное разделение Русской Церкви. Григорий, посвященный в епископы в Риме, объявил себя митрополитом Русским и, принятый благосклонно королем Польским, стал управлять церковными делами в юго-западной России, подвластной тогда польскому королю. О сем деле многие православные и сам Великий князь писали святителю, прося его содействия и поддержки. Святый Иона, сам твердый в Православии, всячески противодействовал такому разделению и много поучал свою паству, убеждая ее не оставлять старой веры православной и оставаться верной престолу Московского митрополита; как истинный пастырь, он смело и безбоязненно разрушал все происки врагов Православия и охранял свое словесное стадо.
Немало трудов понес святый Иона. Своим мудрым словом, своей любовью, он не раз погашал раздор между новгородцами и псковичами. Жители Пскова, тяготясь зависимостью от новгородского Владыки, стали просить, чтобы Великий князь назначил им в Псков особого епископа. Они даже захватили часть земель и угодий, которые принадлежали архиепископу Новгородскому. Но Великий князь не исполнил их просьбы, повелев им во всем повиноваться блаженному святителю новгородскому
