Когда приблизилось время принять упокоение и отойти в иную жизнь, святый Кирилл воздвиг свои руки к Богу и так со слезами молился:
— Господи Боже мой! Ты, Который составил бесплотные ангельские силы, распростер небо, основал землю и из небытия в бытие привел все сущее на ней, который всегда и во всем слушает исполняющих Твою волю, боящихся Тебя и хранящих Твои заповеди: услышь мою молитву и сохрани верное стадо Твое, пасти которое Ты поставил меня — грешного и недостойного раба Твоего. Избавь это стадо от всякого безбожия и нечестия и от всякого многоречивого еретического языка, говорящего на Тебя хулу. Погуби трехъязычную ересь и возрасти во множестве Свою Церковь. Всех соедини в единодушии и всех соделай единомысленными о истинной Твоей вере и правом исповедании. Вдохни в их сердца слово Твоего учения, ибо это — Твой дар. Если Ты сподобил меня недостойного проповедать Евангелие Христа Твоего, старающегося делать добрые дела и все угодное Тебе, то позволь мне отдать Тебе, как Твое, все то, что Ты мне дал. Устрой их сильною Твоею десницею, покрой их покровом Твоим, чтобы все хвалили и славили имя Отца, и Сына, и Святаго Духа во веки, аминь.
Затем, облобызав всех, сказал:
— Благословен Бог наш, Который не дал нас в добычу невидимым нашим врагам, но разрушил их сети и избавил нас от истления.
С этими словами святый Кирилл почил о Господе 14 февраля 869 года.
Папа Адриан повелел всем Грекам, находившимся в Риме, а также и Римлянам присутствовать при погребении и стоять при гробе Кирилла с возжженными свечами, а проводы велел устроить такие, какие бывают при погребении самого папы. Святый Мефодий, узнав, что собираются погребсти честно́е тело святаго Кирилла в Риме, пришел к папе и сказал ему:
— Мать наша заклинала нас, говоря, что если кто первый из нас умрет, пусть другой перенесет брата в свой монастырь (на Олимпе) и там похоронит его.
После этого папа распорядился положить честно́е тело Кирилла в раку, забить железными гвоздями и приготовить в дорогу. В таком положении святые мощи оставались семь дней.
