года он обратился к директору и всем служившим в гимназии с следующим строгим внушением: «проезжая чрез Нежин, я не могу не изъяснить, сколько Я соболезную о беспорядках, вкравшихся в сие учебное заведение. Не в качестве начальника, но как основатель, должным почитаю объявить всем господам профессорам и чиновникам, участвовавшим в оных, крайнее моё неудовольствие. Всякий наставник должен всегда иметь в виду важность своей должности и принятую им ответственность пред правительством, родителями и совестию своею, не токмо наставлениями, но ещё более примером научать учеников своих всем христианским и гражданским доброделям. Посему ссоры, личности, учения ложным началам, худое поведение, неисполнение своей должности со стороны наставников не могут быть терпимы в благоустроенном учебном заведении. Я не вхожу в подробное рассмотрение вины или невинности каждого, пока не получу заключения высшего училищного начальства, по повелению коего уже произведено следствие и от которого суждение по сему делу по Высочайше утверждённому уставу зависит; но единственно присовокупляю к сему, что после оного я с удовольствием готов буду возвратить прежнее моё благорасположение тем, которые окажутся совершенно невинными. Вместе с тем я не могу не заметить, что г. директор должен бы с бо́льшею твёрдостию прекращать всякое неустройство, ибо Высочайше утверждённый устав предоставляет ему власть и возлагает на него сию обязанность».
После истории о вольнодумстве, Гимназия, обессиленная в своём учебном составе, просуществовала с прежним энциклопедическим направлением ещё два года без особых приключений и в 1832 году была преобразована в гимназию с специальным физико-математическим направлением. Вскоре по окончании следствия, 17-го августа 1830 года, министр «нашёл удобнейшим, чтобы в этом году не принимать воспитанников в нижний класс сей гимназии», а почётный попечитель от 27-го декабря того же года сообщил конференции распоряжение «воздержаться от определения вновь чиновников и даже от положительного утверждения в высших должностях чиновников, уже служащих ныне, до утверждения нового устава; а дабы не было остановки в преподавании, до того времени поручить должности способнейшим».