преподаваніе въ Лицеѣ и самыя каѳедры въ уставѣ распредѣлены были по «Своду Законовъ», именно: 1) Энциклопедія Законовѣдѣнія и Государственное Право, законы основные, учрежденія государственыя и губернскія, вмѣстѣ съ уставами о службѣ гражданской и законами о состояніяхъ («Сводъ Законовъ» томы I, II, III и IX); 2) законы казённаго управленія, уставы о повинностяхъ и уставы казённаго управленія (томы IV, V, VI, VII, и VIII); 3) законы гражданскіе, общіе, мѣстные и межевые и законы государственнаго благоустройства (томы X, XI и XII) и 4) законы полицейскіе и уголовные съ судопроизводствомъ (томы XIII, XIV и XV). Такимъ-образомъ предметы не совсѣмъ однородные, какъ гражданское право и государственное благоустройство, соединены были въ одной каѳедрѣ, чтобы охватить по возможности одинаковое число томовъ «Свода Законовъ», идущихъ при томъ послѣдовательно въ порядкѣ нумераціи ихъ. Для предметовъ обще-образовательныхъ въ Лицеѣ учреждены были двѣ каѳедры: 1) Русской Исторіи и Русской и Всеобщей Статистики и 2) Теоріи Поэзіи и Русской Словесности. Въ составъ предметовъ каѳедры богословія входила церковная исторія и каноническое право. Сверхъ того, при Лицеѣ состояло два лектора: для французской и нѣмецкой словесностей. Полный курсъ ученія въ Лицей былъ трёхлѣтній, раздѣлявшійся на 6 семестровъ, воспитанники, окончивавшіе курсъ съ хорошими успѣхами, получали право на чинъ XII класса при вступленіи въ гражданскую службу, а окончившіе съ успѣхомъ вообще удовлетворительнымъ — право на чинъ XIV класса. По правамъ на производство въ офицерскій чинъ въ военной службѣ студенты Лицея приравнивались къ студентамъ университетовъ. Студенты, окончившіе съ успѣхомъ курсъ въ Лицеѣ, принимались безъ испытанія въ 1-й курсъ университетовъ, а въ прочіе курсы — съ соотвѣтственнымъ испытаніемъ. Существенно-важной особенностью преобразованія Лицея по уставу 24-го апрѣля 1840 года было учрежденіе при нёмъ гимназіи, «какъ пріуготовительнаго къ поступленію въ Лицей заведенія». Эта гимназія, помѣщаясь въ лицейскомъ зданіи, должна была содержаться на сумму, отпускаемую изъ государственнаго казначейства, въ размѣрѣ 5828 рублей въ годъ.
Во внутреннемъ своёмъ устройствѣ Нѣжинская гимназія не представляла никакихъ отступленій отъ общаго устава гимназій, утверждённаго 8-го декабря 1828 года. Начальство — директоръ и инспекторъ, а также нѣкоторыя другія должностныя лица, были у ней общія съ Лицеемъ. Въ Лицеѣ остались прежніе двадцать четыре студента, помѣщавшіеся въ лицейскомъ пансіонѣ, въ который принимались и своекоштные пансіонеры. Право пользоваться казённымъ содержаніемъ было новымъ уставомъ распространено и на учениковъ гимназіи, которые, по выбору мѣстнаго начальства и съ утвержденія почётнаго попечителя, могли быть принимаемы на казённое содержаніе и продолжали пользоваться имъ и послѣ поступленія въ Лицей, по окончаніи гимназическаго курса.
Не смотря на категорическое положеніе устава, что никто не можетъ быть профессоромъ въ Лицеѣ, не имѣя покрайней-мѣрѣ степени