Главною святынею въ обители почитаются чудотворныя мощи преподобныхъ Соловецкихъ, о коихъ помянуто выше (см. въ главѣ III), а кромѣ ихъ находится въ обители:
1) Нѣсколько частицъ св. мощей святителя Филиппа, хранящихся въ серебропозлащенномъ ковчегѣ въ Преображенскомъ соборѣ, на правой сторонѣ, подъ которымъ находится та самая рака, въ коей почивали мощи святителя до перенесенія ихъ въ Москву.
2) Въ томъ же Преображенскомъ соборѣ у амвона, близъ царскихъ вратъ утвержденъ нарочитый аналой, на немъ поставленъ образъ подъ среброзлоченою ризою, въ срединѣ котораго Распятіе литое серебряное, съ Богоматерью и евангелистомъ Іоанномъ Богословомъ; вокругь Распятія тридцать одна частица мощей разныхъ святыхъ, означенныхъ надписями; здѣсь же помѣщенъ сребропозлащенный ковчегъ, въ коемъ хранятся кресты, и небольшіе ковчеги съ частями святыхъ мощей разныхъ угодниковъ Божіихъ.
1) Нерукотворенный образъ Спасителя, находящійся въ Святыхъ воротахъ — написанъ въ 1624 году при преподобномъ Елеазарѣ, по особому ему откровенію Божію и съ того времени всегда стоитъ на открытомъ воздухѣ, не подвергаясь порчѣ отъ воздушныхъ перемѣнъ, какъ напр. отъ дѣйствія бывающаго здѣсь сырого воздуха, насыщеннаго морскими солями.
2) Вошедшій въ обитель черезъ Святыя ворота прежде всего увидитъ стоящую надъ западнымъ входомъ въ Преображенскій соборъ и какъ бы непрестанно осѣняющую и благословляющую входящаго, чудотворную икону Знаменія Божіей Матери. Это та икона, въ которой, при нападеніи на обитель въ 1854 г. англійской эскадры, Матерь Божія благоволила, спасая обитель, претерпѣть двѣ раны отъ непріятельскихъ бомбъ. Первую рану, надъ главою Пресвятой Богородицы, причинила 96-фунтовая бомба, пробившая послѣ того еще каменную стѣну на вылетъ въ паперть къ собору. Вторую рану, пониже лѣвой руки Божіей Матери причинила 26-фунтовая бомба, которая черезъ годъ послѣ войны найдена была за иконою не взорвавшеюся. Среброзолоченая драгоцѣнная риза на иконѣ устроена обителью въ 1858 году.
3) Чудотворная икона Пресвятой Богородицы, называемая Сосновская, явившаяся въ древнія времена на соснѣ въ 15 верстахъ отъ монастыря при морской губѣ, стоитъ у южной колонны собора. Эту чудотворную икону во время крѣстнаго хода, совершавшагося по монастырской стѣнѣ въ самый часъ бомбардированія, настоятель архимандритъ Александръ, держалъ и несъ на своей головѣ и по временамъ осѣнялъ ею во всѣ стороны.
4) Икона Спасителя въ створахъ, укрѣпленная въ первомъ ярусѣ иконостаса, пожертвованная царемъ Михаиломъ Ѳеодоровичемъ, въ 1614 году, стоитъ надъ царскими вратами.
5) Икона Пресвятой Богородицы, именуемая Славянская, предъ которой святитель Филиппъ при своей жизни особенно любилъ молиться, стоитъ надъ ракою святителя.
6) На паперти Преображенскаго собора, у западныхъ дверей на стѣнѣ, двѣ иконы: 1) Распятіе Господне со страстями и 2) Коронованіе Божіей Матери; онѣ имѣютъ по нѣсколько не задѣланныхъ, по волѣ государя императора Александра Николаевича, ранъ, причиненныхъ въ 1854 году осколками разорвавшейся бомбы.
7) Деисусъ, написанный на трехъ доскахъ пожертвованный святителемъ Филиппомъ, стоитъ надъ раками преподобныхъ Зосимы и Савватія. Тутъ же образъ преподобнаго Зосимы, написанный ученикомъ его игуменомъ Досиѳеемъ, чрезъ пять лѣтъ послѣ преставленія преподобнаго.
8) Двѣ иконы аналойныя, пожертвованныя святителемъ Филиппомъ: 1) Преподобнаго Варлаама Хутынскаго и 2) Сорока мучениковъ, находятся въ алтарѣ Троицкаго собора.
9) Икона Успенія Божіей Матери съ драгоцѣнною ризою, пожертвованная въ 1715 году строителю Голгоѳо-Распятскаго скита іеромонаху Іову царевною Маріею Алексѣевною, стоитъ въ Успенскомъ соборѣ надъ царскими вратами.
10) Икона Пресвятой Богородицы, называемая Запечная, она явилась святителю Филиппу во время его молитвы за печкой въ хлѣбопекарнѣ Соловецкаго монастыря; находится теперь въ церкви Рождества Пресвятой Богородицы.