Трегубовым) воззвания «Помогите» (о помощи гонимым в то время царским правительством духоборцам) был выслан на пять лет под гласный надзор полиции в г. Бауск, Курляндской губернии. В феврале 1898 г. ему было разрешено переселиться за границу. До сентября 1898 г. жил вместе с Чертковыми в Англии в Эссексе (близ Лондона). Вместе с В. Г. Чертковым напечатал два сборника «Свободного слова», вышедших под его редакцией. С сентября по ноябрь 1898 г. (включительно) провел на Кипре, помогая переселившимся из России духоборам. Годы 1899—1904 провел в Швейцарии, близ Женевы, купив себе небольшой домик и работая на земле. В 1899 г. начал издавать журнал «Свободная мысль». С начала 1900-х годов был занят составлением «Биографии Л. Н. Толстого». В конце 1904 г. получил разрешение вернуться в Россию. В январе 1905 г. приезжал в Россию, был в Ясной поляне, после чего опять уехал в Женеву. Вернулся в Россию лишь в июле 1907 года, поселившись в Костроме, где одно время работал в земстве. В 1912—1913 гг. занят был работой над изданием собрания сочинений Л. Н. Толстого, вышедшего в двадцати томах (изд. И. Д. Сытина. Под редакцией и с примечаниями П. И. Бирюкова. М. 1912—1913) и в двадцати четырех («Библиотека Русского слова» изд. И. Д. Сытина М. 1913). Годы 1914—1917 провел в Швейцарии, работая над окончанием «Биографии Толстого». В 1918 г. вернулся в Россию. Последние годы жил в Москве. В конце 1927 г. уехал в Канаду, где жил среди духоборцев. Умер в Швейцарии.
За время своего знакомства с Толстым П. И. Бирюков был частым гостем у Толстых и в Москве, и в Ясной поляне.
Женат был П. И. Бирюков с января 1899 г. на Павле Николаевне Шараповой (р. 10 февраля 1867 г.).
Одним из главных трудов П. И. Бирюкова является его «Биография Л. Н. Толстого», вышедшая в четырех томах и выдержавшая несколько изданий: I том — 1-е изд. М. 1906 («Посредник»); 2-е изд. М. 1911 («Посредник»); 3-е изд. Берлин 1921 (Ладыжников); 4-е изд. М. 1923 (Госиздат). II том — 1-е изд. М. 1908 («Посредник»); 2-е изд. М. 1913 («Посредник»); 3-е изд. Берлин 1921 (Ладыжников); 4-е изд. М. 1923 (Госиздат). ІІІ том — 1-е изд. Берлин 1921 (Ладыжников); 2-е изд. М. 1922 (Госиздат); IV том — 1-е изд. М. 1923 (Госиздат).
Помимо этого Бирюковым написано о Толстом: «Всемирное значение Л. Н. Толстого» — «Истинная свобода» 1920, 4, стр. 12—24; «Из переписки Михаила Сергеевича Башилова с Л. Н. Толстым» — «Голос минувшего» 1913, 9, стр. 265—270; «Как Лев Николаевич Толстой составлял народный календарь» — «Всеобщий ежемесячник» 1911, ноябрь, стр. 4—10; «Л. Н. Толстой о Наполеоне I» — «Голос минувшего» 1913, 1, стр. 171—173; «К 70-летию Л. Н. Толстого» — «Свободное слово», период. сбор. 1899, 2, стр. 10—21; «Л. Н. Толстой и Вильям Фрей» — «Минувшие годы» 1908, 9, стр. 69—91; «Несколько фактов из деятельности администрации» — «Свободное слово» 1898, I, стр. 175—176; «Об анархизме» — «Свободное слово» 1901, I, стр. 5—7; «Толстой художник» — «Зарница» 1925, 6, стр. 2—4; «Мои два греха» — ТП, 3, М. 1923 и др.
На французском языке: «A la mémoire de Léon Tolstoï» — «La Revue mensuelle» 1916, 174, 179—189; 175, 207—210; 176, 241—243;
