Автограф первой редакции был переписан (см. рук. № 7) и затем переработан Толстым. Работу эту Толстой продолжил на отдельных листах, написав на них целый ряд упражнений на сомнительные буквы, состоящих из отдельных фраз, пословиц, поговорок и мелких рассказов, подобранных и составленных так, что в них имеются одни и те же слова в двух формах — с сомнительными гласными и согласными буквами и без них. Эти слова в тексте Толстой подчеркнул, а затем попарно вынес на поля листов. Это дополнение явилось коренной переработкой четвертого отдела первой части первой книги «Азбуки». В этих упражнениях принята была система надстрочных букв. К. К. Сент-Илер, рассматривавший «Азбуку», не одобрил этой системы. Автор принял это во внимание в дальнейшей переработке этого отдела.
Но и эта новая редакция не удовлетворила Толстого. Оставив ее, он снова переработал всю азбуку от начала до конца, дав в результате третью редакцию. Рукописные материалы этой редакции сохранились в крайне разрозненном и отрывочном виде.
Для третьей редакции автор использовал многие материалы первых двух редакций, предварительно переработав их, и внес в нее много нового материала для чтения. Сюжеты и материалы для произведений, вошедших в «Новую азбуку», и произведений, предназначавшихся для последней, но не вошедших в нее, были взяты из разных источников: у Эзопа, Лафонтена, И. А. Крылова, И. И. Димитриева, В. И. Даля, братьев Гриммов, Хр. Шмидта, А. Ф. Погосского, Е. Гугеля, И. Паульсона, К. Д. Ушинского, из журнала «Звездочка», из русского и восточного эпоса, из французских и английских источников и др. Больше всего Толстой использовал Эзопа, взяв у него около шестидесяти басен. Немногие из этих басен им были переведены с подлинника на русский язык, а остальные творчески переработаны. Несколько басен и легендарных эпизодов, взятых из жизнеописания Эзопа, были переработаны в самостоятельные басни и рассказы. Другим источником, которым больше всего пользовался Толстой, были народные пословицы. В качестве материалов для чтения в первой части первой книги «Азбуки» изд. 1872 г. Толстой взял почти исключительно пословицы и небольшое число рассказов, написанных им на сюжеты пословиц. Теперь же, перерабатывая собственно азбуку, Толстой сильно сократил в ней число пословиц и около пятидесяти пословиц, помещенных в ней, развернул в небольшие рассказы.
В «Новую азбуку» совсем не вошли следующие рассказы, напечатанные в первой части «Азбуки» 1872 г.: «Была одна сильная собака...», «У одной барыни была собачонка...», «Один ученик просил книгу...», «Мужик сеял пашню...», «Один бедняк поехал в город...», «Волк унес ягненка...», «Один человек увидал во сне...», «На деревне умер мальчик...», «Летел жук и шумел...», «У богатого мужика расчесана борода лопатой...», «Мужик увидал, по реке плывет бревно...», «Мышь вскочила в узкий кувшин...», «К бедному мужику в дом пришел жалкий нищий...».
Материалы для чтения расположились в третьей редакции в «правильной постепенности» в смысле перехода от простого и легкого к сложному и трудному, чего не было в первой редакции. И в этом отношении «Новая азбука» определенно слагается из трех частей: первая часть, как говорит
