Приехав в Екатеринослав, Бабушкин несколько месяцев был без работы, потом ему удалось поступить на Брянский завод, в инструментальную мастерскую мостового цеха. Он немедленно организовал там кружок, в который вошли несколько рабочих Брянского завода (Г. И. Петровский, П. Мазанов, Числов, Лавренов), вел пропаганду, распространял прокламации. С 1898 г. он, вместе с рабочими П. А. Морозовым, И. З. Бычковым, Г. И. Петровским и «одним из интеллигентов», руководил партийной работой (агитацией и пропагандой) в районе Брянского завода, в мастерских предместий Амура и Нижнеднепровска; эта группа была представлена в Екатеринославской Комитете РС-ДРП одним Бабушкиным, который соблюдал — в целях конспирации — твердую диктатуру. Екатеринославская с.-д. организация в это время р а звила широкую агитационную деятельность на почве стачечного движения. Сначала она носила название «Екат. Союз Борьбы за освобождение раб. класса»; после I с’езда РС-ДРП, происходившего в марте 1898 г., она переименовалась в «Екат. Комитет РС-ДРП».
В августе 1899 г., работая под кличками «Трамвайный» и «Николай Николаевич», Бабушкин организует на Амуре и в Нижнеднепровске рабочий кружок-кассу под названием «Начало», связывая его с городским комитетом партии. Он составил устав этого кружка и кассы, снабжал кружок нелегальщиной, организовал библиотеку, доставил в кружок пропагандиста (Тихомирова). В том же поселке Бабушкин организовал потом другой кружок, получивший название «Рассвет». Кроме кружковой работы, он занимался массовым распространением прокламаций в рабочих районах.
В Екатеринославской с.-д. организации интеллигенты работали очень дружно совместно с рабочими. «К чести этой (екатеринославской) интеллигенции, — писал Бабушкин в своих воспоминаниях, — нужно сказать, что она почти ничего самостоятельного не предпринимала, раньше чем не посоветуется с нами (т.-е. с рабочими), и потому в то время у нас так удачно все шло и развивалось и за все время не произошло почти ни одного разногласия». Единственно, чем Бабушкин был недоволен, это тем, что делегат от Екатеринослава на I-й с’езд партии (К. Петрусевич) был послан без ведома рабочих.
16 апреля и 4 июля 1900 г. жандармы произвели массовые обыски и аресты членов Екатерин. с.-д. организации. Деятельность Бабушкина оказалась раскрытой, и он 17 октября 1900 г. был привлечен к жандармскому дознанию. Бабушкину, однако, удалось скрыться (он уехал в Питер) и перейти на положение «нелегального». Некоторое время он
